明治元年（1868年）、戊辰戦争として薩摩藩・土佐藩を中心とする明治新政府軍と、
会津藩や奥羽越列藩同盟などの徳川旧幕府軍との間で戦いが行われた。これを会津戦争と呼び、同時期に進行していた長岡藩をめぐる戦いは北越戦争とよぼれている。
1862年、会津藩主・松平容保は京都守護職に就任し、新撰組を配下として尊皇攘夷派志士の取り締まりを強力した。さらに禁門の変では幕府方の中核として尊皇攘夷派の排除を行った。鳥羽・伏見の戦いで幕府軍が破れると、徳川慶喜と共に江戸に退去した。松平容保は新政府の追討令を受けた慶喜に従って、自らも恭順の姿勢を示すために会津へ帰国し謹慎した。しかし会津藩内では主戦論が支配的であり、それを察知した新政府側は会津藩の恭順姿勢を信用しなかった。
1868年3月11日、江戸城が無血開城され、徳川慶喜が水戸で謹慎すると、薩摩藩・長州藩を中心とした新政府軍は佐幕派の重鎮として松平容保を敵視し、討伐するため会津藩を目指した。この戊辰戦争の時期、ちょうどアメリカの南北戦争が終わり、そこで使われた武器弾薬が世界中にあふれ、商人たちが盛んに日本にやってきた。すでにイギリスは薩摩藩につき、フランスは幕府を後押しした。起死回生を狙うイタリアとロシアが奥羽越列藩同盟を支援した。
仙台藩、米沢藩など東北諸藩は追討を命じられたが、会津藩に同情的で会津藩赦免の嘆願を行うと同時に、奥羽越列藩同盟を結成して結束を強めた。奥羽14藩では会津藩と庄内藩の赦免のため、新政府の奥羽鎮撫総督・九条道孝に嘆願書を提出したが、東征大総督府下参謀・林通顕による「会津は死謝の外なし」という方針を決定し、朝廷へ直接建白も認められなかった。
奥羽越藩同盟は赦免嘆願を目的としていたが、会津藩が明治新政府の通達に対して罪を認めず謝罪を拒否した。仙台藩は、京都守護職の会津藩がどうして「朝敵」になるのかと驚いたそうです。新政府軍は、奥羽鎮撫総督府を仙台に置き、下参謀・世良修蔵（長州藩）が実権を振るいましたが、会津攻撃を渋る仙台藩を見て、仙台藩を愚弄するような歌を詠み、また、市中で隊列を組んで乱暴する薩長兵が、子女を辱めるなど傍若無人の蛮行を繰り返しました。仙台藩が怒り、世良を斬りました。新政府は、雄藩・仙台の誇りを甘く見ていたとのこと。明治新政府の鎮撫使である世良修蔵が仙台藩士によって殺害された事件から戦争に傾くことになる。
奥羽越藩同盟
会津・仙台と並ぶ東北の雄藩は、上杉家の米沢藩。藩祖上杉景勝以来の悲願は越後へ帰ること。米沢藩は新政府軍が越後から会津へ侵入してきたら、越後の諸藩と協力してこれを駆逐し信州（長野）、上州（群馬）、甲州（山梨）、関東へも攻め上る意気込みだった。まさに上杉景勝、上杉謙信の足跡を追うようだった。
越後は高田藩（15万石）、新発田藩（10万石）、長岡藩（7万4千石）、村上藩（5万石）、黒川藩（1万石）など中小の藩がひしめき合ってい。高田藩の寝返りで新政府軍の海からの上陸が開始され、新発田藩にはもともと動向に不審な空気があったが、長岡藩の河井継之助が奥羽越列藩同盟軍として参戦に踏み切ったことにより、越後戦争は泥沼になった。
奥羽越列藩同盟には海軍力がなく、幕府海軍の榎本武揚に軍艦を回すように要請しましたが榎本は動かなかった。結果、軍艦を持つ新政府軍に、新潟や、茨城の平潟への上陸を許すことになった。
また相馬藩は伊達正宗の時代から仙台藩と仲が悪く、会津藩からの要請で戦う姿勢は見せたが早々に無条件降伏した。しかしそれによって、相馬藩城下に新政府軍が進駐し、食料、布団、衣類、馬の飼い葉として畑の野菜などをことごとく供出させられ、商人はすべてを没収。海辺の船も輸送船として没収。給仕役として、領内の後家が集められ、近郷の遊女も動員され、薩摩兵にあてがわれました。相馬藩はすべてを奪われ、明治以降、ひどく衰退した。
会津戦闘準備
筆頭家老の西郷頼母は、藩主・松平容保が京都守護職に就任することに反対したことで容保の逆鱗に触れ蟄居を命じられたのだが、その後政局が動き松平容保が朝敵第二号とされて大総督府が会津征討に動くと、西郷頼母は五年ぶりに藩政に呼び戻されている。
新政府軍が迫り、会津藩家老西郷頼母は戦況が圧倒的に不利と見て和議恭順を提案して、全員が切腹すべしと藩主・松平容保に勧めるが、容保は徹底抗戦を主張し徴兵に乗り出した。 西郷は主戦派に抗しつつ新政府に対し絶対恭順する藩論を取りまとめたのだが、奥羽鎮撫使から拒絶されて和平の道は絶たれ、会津藩は戦わざるを得なくなってしまう。そして西郷は白河口総督を命じられ、奥羽戊辰戦争の天王山ともいうべき白河口攻防戦で奥羽同盟軍は二千五百～三千人もの大軍を率いながら大敗してしまう同盟軍が大敗した原因は主力小銃の性能の格差が大きかった。その後西郷頼母は早期降伏論を主張し続けたのだが、会津家中では西郷の考えに強い非難があり、西郷は自分の身の安全をはかろうとする私的な動機から主張しているものと考える藩士が多かった。
また藩側に逃げてきた農民や町人らも武器を渡され戦うことを命じられた。会津藩は新政府軍と戦う準備を進めていた。軍制改革を行い15歳から17歳の少年は白虎隊、18歳から35歳までの精鋭部隊を朱雀（すざく）隊、36歳から49歳までを青龍隊、五十歳から六十五歳までを玄武（げんぶ）隊と名付け、さらに身分によって士中隊、寄合組隊、足軽隊を編成した。このようにしてかき集めた会津軍の総兵力は約6000人で、そのうちの約7割にあたる精鋭部隊を、勢至堂口、中山口、大平口など会津につながる藩境の要所に分けて配置した。
しかし他の藩と同様に、会津藩も領民に対して苛酷な租税を課していたため、重税と戦争に巻き込まれた領民たちの士気は低く逃走者が後を絶たなかった。意気揚々と鳥羽・伏見の雪辱に燃える会津藩士とは対照的であった。とくに藩の軍資金確保を名目に資産のほとんどを徴発された会津の町人たちにとっては、征服者である新政府軍を「官軍様」と呼び会津藩士を「会賊」と呼び捨てにした。また新政府軍の拠点確保を阻止するため、一部の村々を焼き払ったことも領民たちの恨みを深くした。そのため後に進軍してくる新政府軍が、会津藩領の村々から大量の人夫・馬・軍資金などを徴発しても反発するどころか歓迎する者までいた。
新政府軍は侵入してきており、すぐに命令を発して出撃しなければならなかったが、守備配置は開戦前に決めておくべきものなのに、誰がどこを守るのかなどを話し合うだけで何もしなかった。会津戦争の悲劇の原因の多くは人災とも言える。
白河口の戦い
白河藩は当時国替えにより藩主不在となり幕府直轄領であった。旧幕府軍は会津藩家老の西郷頼母を総督として白河城を占領し、これに対し新政府軍は薩摩藩参謀・伊地知正治の指揮のもと白河への攻撃を開始し、5月1日に白河城を落城させた。会津藩には幕府の歩兵を率いて合流した幕府歩兵奉行・大鳥圭介と連携して日光口を守り、板垣退助の土佐軍と戦い、佐賀藩兵を壊滅させてアームストロング砲をぶんどるなどした日光口総督・山川大蔵などの人材はいたが、戦略的最重要拠点の白河口へ送られたのは戦争経験が皆無であった家老・西郷頼母だった。仙台藩からの援軍を加えて数倍の兵力を持ちながら、あっけなく奇襲で白河城が落城。旧幕府軍は7月までの約3か月間、白河奪回を試みて戦闘を繰り返したが奪回はならなかった。
二本松の戦い
二本松城を落とした新政府軍は、次の攻略を会津にするか仙台にするかで意見が割かれた。大総督府軍防事事務局判事の大村益次郎は二本松城落城後は戦意の乏しい仙台藩を攻めて、最小の流血で最大の戦果を挙げて東北戊辰戦争を終結させようとしたが、土佐藩の板垣退助が真っ向から反対した。「そもそも会津は根本にして、仙台藩は枝葉なり」と先に会津藩を殲滅することを強く主張した。
板垣は新政府軍が仙台藩や米沢藩に勝利したとしても会津藩が残っている以上東北戊辰戦争は終結しない。また仙台方面に兵を進めてもすぐに厳寒の季節に入り、戦争が長引くことになるだろう。そのことによって、会津藩に周到な準備をする時間を与えてしまうことになることは問題だ。相手の準備が出来ていないうちに会津を討つべきであり、今こそがその好機だと主張したのだが、この判断は新政府軍にとっては正しかった。
1868年6月24日に棚倉城（棚倉）が落城、7月16日に三春藩が奥羽越列藩同盟を脱退し、明治新政府軍はじりじりと北上した。7月29日、藩兵の大半が白河口に出向いている隙をつき新政府軍は二本松城を攻撃、城は落城し二本松藩主・丹羽長国は米沢へ逃れた。二本松藩は少年兵部隊を動員し二本松少年隊と呼ばれていたが、木村銃太郎率いる20名は攻城戦の最中にそのほとんどが戦死し、会津戦争の悲劇のひとつとして語り継がれた。
若松城下への侵攻
二本松領を占領した新政府軍は、次の攻撃目標に関して意見が分かれた。大村益次郎は仙台・米沢の攻撃を主張し、板垣退助と伊地知正治は会津藩への攻撃を主張した。板垣・伊地知の意見が通り会津藩を攻撃することとなった。
二本松から若松への進撃ルートは何通りかあったが、新政府軍は脇街道で手薄な藩境母成峠・石莚口を攻撃した。土方歳三の新選組、猪苗代城の会津兵が応戦したが守りきれず退却した。会津軍は進路の日橋川にかかる十六橋を破壊して新政府軍を止めようとしたが間に合わず、退いて戸ノ口原で決戦するべく鶴ヶ城に援軍を頼んだ。会津藩が母成峠陥落の急報を受けたのは8月22日午前5時だった。新政府軍の電撃的な侵攻に各方面に守備隊を送っていた会津藩は虚を衝かれ、会津城下には精鋭兵がいなかった。この時会津城下にいた将兵は藩主の近臣や軍事局のほか、君則護衛の任にあたっていた白虎隊の少年たち約80名と、鶴ヶ城警護にあたっていた玄武隊の老人たち約百名のほか、前月に結成されたばかりの敢死隊約250名、僧侶からなる奇勝隊約100名にすぎず、城下はガラ空きの状態だった。予備兵力であった白虎隊までも投入するがあえなく敗れた。
新政府軍の会津進撃を止めるには、日橋川にかかる十六橋を破壊する必要があった。この橋を破壊すれば新政府軍の大砲は動けない。十六橋の破壊と戸ノ口原防衛のため、奇勝隊、敢死隊、砲兵三番隊のほか白虎士中二番隊37名が出陣を命じられたが、薩摩軍の銃撃を受けて十六橋の破壊ができないまま日が暮れる。夜が明けると新政府軍の精鋭三千余人が総攻撃を開始し、会津藩戸ノ口原防衛隊総勢三百数十人は一気に蹴散らされ、奮闘した白虎士中二番隊もたちまち過半を失い、生存者は飯盛山へ逃れて行く。しかし、そこで見た光景に彼らは息を呑む。城下のあちこちから火の手が上がり、鶴ヶ城周辺にも火の手が迫っていた。
手持ちの食糧もなくなり何か食べたくても、近くに民家もなく食糧を乞うこともできない。そんな中、敵と遭遇し射撃を受けたために南方の山腹に副って退き、ようやく危機を脱して飯盛山に登って足を止めると、城下は炎に包まれており、街道は敵兵で充ちていた。
飯沼氏によるとここで死ぬか、戦うかで激論があったのだが、最後に語った篠田儀三郎の言葉に全員が納得したという。白虎隊は城が燃えているのを見て自刃したという話が広がっているのだが、それは後世の創作のようだ。先ほど飯盛山で死ぬか戦うかで激論があったと書いたのだが、その点について『白虎隊顛末略記』では、「今や焔は天を焦がし、砲声山岳を動かすも、決して城落たるにあらず。潜に道を南に求め、若松城に入るに如すと。甲怒り、乙罵り、激論以て之争う」とある。
城が燃えていたら、こんな激論をするはずがないのだ。彼らは城が燃えていないことを認識しつつも、敵に生け捕らえられて辱しめを受けるよりもこの地で潔く死ぬことを決意したのである。
新政府軍は母成峠から会津盆地に侵入したが、濃霧の中、新政府軍を案内したのは、地元民や地域の農民とのこと。会津藩兵が戦いの際に畑を焼いたことを恨んでいたようです。また、母成峠の防衛陣地が破られても、どこからも城下へ連絡はなされず、会津の国境は広大で情報伝達には騎兵が不可欠でしたが騎兵の編成はなかったとのこと。ほかの国境口を守っていた会津藩の精鋭は、母成峠が破られても何もしなかった。
戸ノ口原をも突破した新政府軍は滝沢峠から40キロメートル余りを急進して同年8月23日朝に若松城下に突入した。
そして8月23日の朝、城から半鐘が打ち鳴らされた。
頼母の妻・千重子は、嫡男の吉十郎11歳を鶴ヶ城に送り出し、召使いに暇を与えて避難させたのち邸に残っていた家族や親族全員が自決した。千重子は家族全員を一室に集め、八歳の三女田鶴子を刺し、次に四女常盤を刺し、更に二歳の赤子季子を刺殺したのち、わが胸を突いて果てたのである。家族で自決したのは妻千重子(34)、妹眉寿子(26)、妹由布子(23)、長女細布子(16)、次女瀑布子(13)、三女田鶴子(8)、四女常盤(4)、五女季子(2)の8人。隣の部屋で姑律子(58)と外祖母(77)が自決し、ほかに親族など12名が西郷邸で自決した。
千重子の辞世が残されている。
「なよ竹の 風にまかする 身ながらも たわまぬ節は ありとこそ聞け」
千重子は、西郷頼母が早期降伏論を唱えたのは決して私的な動機からではなく、会津の領民を救うという公的な動機に基づくものであったことを、一族が西郷邸で自決することによって伝えようとしたのであろう。
甲賀町郭門はじめ北側各郭門を突破し鶴ヶ城に迫ってきた。各方面に守備隊を送っていた会津の城内は手薄であったため、郭内の武士の家族は半鐘を合図に続々と入城した。このとき西郷頼母邸では篭城戦の足手まといとなるのを苦にした母や妻子など一族21人が自刃し、城下町で発生した火災を若松城の落城と誤認した白虎隊士中二番隊の隊士の一部が飯盛山で自刃するなどの悲話が伝えられている。
新政府軍はいったん市街地を引き上げ帰城する会津軍の包囲網をしいたので、援軍はなかなか入城できなかった。また郭外では佐川官兵衛率いる会津軍が各地で転戦した。一方新政府軍は小田山から鶴ヶ城に向けて砲撃を繰り返したので城内に犠牲者が続出した。
降伏
会津藩は会津若松城に篭城して、佐川官兵衛、山口二郎（斎藤一）らも城外での遊撃戦を続けたが、9月に入ると頼みとしていた米沢藩をはじめとする同盟諸藩の降伏が相次いだ。孤立した会津藩は明治元年9月22日新政府軍に降伏した。それでも一ヶ月の籠城に耐えたが、米沢藩の勧めもあってついに降伏。甲賀町通りで降伏式が行われた。すでに若松の町は大部分が焦土と化していた。
同盟諸藩で最後まで抵抗した庄内藩が降伏したのはその2日後である。旧幕府軍の残存兵力は会津を離れ仙台で榎本武揚と合流し蝦夷地（北海道）へ向かった（箱館戦争）。
将軍慶喜の命令とはいえ、鳥羽伏見の戦いの際、藩兵を見捨てて逃げた会津藩主・松平容保への不満が募った。会津藩兵が江戸へ帰ると、その不満は家老の神保修理へ向けられた。神保修理に罪がないことは誰もが知っていましたが、容保を責めるわけにはいかないため、容保への不満が爆発するような事態に収集を付けるため、神保修理が切腹をした。神保修理の切腹を止められるのは容保だけであったが容保は無言を貫いた。
会津藩が降伏したことで、今まで藩の重税に苦しんでいた農民たちにより、会津世直し一揆（ヤーヤー一揆）が起きた。
戦後処理
薩摩藩の軍監・桐野利秋や長州藩の参謀・前原一誠の計らいで容保は死一等を減じられて謹慎となり、養子の喜徳とともに江戸（東京）に護送された。本来であれば家老上席にあった西郷頼母・田中玄清・神保内蔵助が切腹するところであったが、西郷は行方知れず、神保と田中は城下での戦闘において自刃していたため、次席の萱野長修が戦争責任を一身に負って切腹した。
江戸に送られることになった松平容保を、家臣たちは断腸の思いで見送りに来たが、これまで会津藩の重税に苦しめられてきた領民たちは何の関心も示さず見送りにも殆ど現れなかった。会津藩の領土は明治政府の直轄地として占領され、会津若松城下には「明治政府民政局」が設置された。その後、各地で打ち壊しを行う農民たちの一揆に対して、明治政府は積極的に鎮圧はせず会津藩の旧村役人に交渉させ、一揆勢力の要求の多くを実現させた。
従来は新政府軍は遺体の埋葬を許さなかったとされてきたが、実際には戦死した藩士らが埋葬され、埋葬場所、埋葬経費などが詳細に残されている。記録によると、10月3日から同17日にかけ、会津藩士4人が中心となり、鶴ケ城郭内外などにあった567体の遺体を周辺の寺や墓など市内64カ所に集めて埋葬している。発見当時の服装や遺体の状態、名前が記載されているものもある。
このうち蚕養神社の西の畑にあった22体は近隣の60代女性が新政府軍の武士に頼み、近くに葬ってもらったとの記載がある。
領土を失った会津藩の武士らは、翌年、謹慎を解かれて転封先として「猪苗代町」と「斗南（青森県むつ市）」のどちらかを明治政府により提示され最終的に斗南を選択し、旧会津藩士4700名余は移住して斗南藩と称した。斗南藩とは、会津藩士秋月悌次郎が慶応元年に蝦夷へ左遷された際に詠んだ「唐太以南皆帝州」との類似が指摘されている。一方当時斗南藩の大属として藩政の中枢にいた竹村俊秀の『北下日記』には「「斗南」トハ外南部ノ謂ナリ」と記されており、当初「外南部」の略称に過ぎなかったものを大義名分に立って「北斗以南」の意義付けが行われたとの解釈もある。
西南戦争では多くの元会津藩士が薩摩の巨魁である西郷隆盛への恨みを晴らすために政府軍に志願したといわれる。また280万石の会津藩出身の軍人・柴五郎などは、西郷や大久保利通など薩摩藩出身政治家の死に対して「当然の帰結であり断じて喜べり」と語っている。会津藩一の成績優秀者で年齢による白虎隊を除隊し国費留学を経て東京大学総長など歴任した山川健次郎は「会津藩は兵法や武器が時代遅れで、松平容保は幕府への忠誠心厚くかったが情報に疎く藩主として藩内の多数派だった主戦論を抑えられなかった」とを評している。
京都御所警備という朝廷側の任務に就いていたのに、情報軽視や身分が硬直していた会津藩は武士や地主以外の領民を軽視し戦争の準備も軍制改革も遅かった。和平主張する者を戊辰戦争末期まで排斥し、鳥羽伏見の戦い後にでの圧倒的敗北にもいた藩内の強硬派こそ藩主として処罰するか説得するなどして時代の変化を理解して上手く立ち回るべきだった。山川健次郎は戦後に物理学を選考したが、会津藩の朱子学などは儒学重視で理系軽視であったことをあげている。しかし兄と共に旧会津地域の支援をし、兄の死後も1901年に困窮した会津松平家のために宮中から下賜された金銭を渡している。
藩士と領民の乖離
会津藩内では会津藩を支持しない農民や商人が多く、会津藩に組する者がほとんどいなかった。会津藩兵が戦いの際に畑を焼いたことを恨んでおり、戦後、当時を知らない世代に会津藩士や会津藩の立場で教え込またことによる。
そもそも勝敗を決したのは山から会津守備隊の側面への攻撃であり、その道案内をしたのは会津藩の農民たちだった。農民たちは戊辰戦争時の不満がつのって藩への支持を欠いていた。会津領内では藩主が幕府での地位や対外的の面子のため重い税を課していた。このことから農民など領民からすれば、長い間の藩の領主への不満に加わったのである。
逆に明治新政府側は尊王攘夷時代に外国との戦争で危機感と中央政府の必要性を覚えて加わった農民出身者が多数自主的に参加していたことで士気も高かった。こうした会津領民の専制的体制に対する感情は、会津藩士の謹慎処分後の統治を引き受けた旧会津藩が占めた統治組織へ一揆が起きたことからも分かる。会津藩の武士など上位層は移住処分を受けたが、実際には領民はそのままだった。会津藩の上位層以外の藩内は戦争へ関わらない派が圧倒的多数で、会津藩への不満からの積極的・消極的明治政府軍支持が次、会津藩支持派は非武士出身者からはほとんどいなかった。当時の会津藩の領民は「会津藩が勝手に戦っている」という感覚だった。