飛鳥時代とは「古墳時代と奈良時代」に挟まれた時代で、具体的には聖徳太子（厩戸皇子）から天武天皇までの約100年間をいう。奈良県明日香村の「飛鳥」に都が置かれていたことから飛鳥時代というが、この飛鳥時代に倭国から日本への大転換を計り、国の基盤がつくられた。大陸から百済を経由して仏教が伝わり，さらに多くの知識や技術が大陸からもたらされた。朝鮮半島では百済が滅びるが、百済と300年のよしみを深めていた日本は百済復興軍と連合して唐・新羅と対峙する。
ヤマト政権は「ヤマト地方の豪族たちで成り立つ連合政権」であるが、やがてヤマト政権は「ヤマト地方の有力豪族から大王政権」へ，そして天皇を中心とした律令国家へと移っていった。この時代に倭国（倭）から日出ずる国、さらには日本へ国号を変えたとされている。
豪族
飛鳥朝廷には大和の豪族が集まり国を治める仕事をしていた。大和王権下において有力な豪族集団を氏（うじ）といい，氏上（うじがみ）を一族のトップとしていた。氏上は大和王権の構成員であり，それぞれの地位応じて臣（おみ）、連（むらじ）、宿禰（すくね）、造（みやっこ）というような姓（かばね）が授けられていた。これを「氏姓制度」という。そのなかで臣（おみ）の姓をもつ葛城氏（かずらぎ）、平群氏（へぐり）、巨勢氏（こせ）、蘇我氏（そが）など、連（むらじ）の姓をもつ物部氏、中臣氏などが大和王権の中心にいた。
連と臣に上下関係はなく、「臣は天皇の親戚」で昔から天皇を支えてきた有力な豪族であった。「連は専門の職業」で例えば大伴や物部は軍事、中臣は祭祀という役割を世襲していた。
臣（おみ）の姓をもつ葛城氏、平群氏、巨勢氏、蘇我氏などは、それぞれが土地の名前であり、これは臣はもともと天皇の一族だったために苗字がなかったからで、祖先は天皇と同じ天照大神である。臣は天皇家から分家して姓をつけるときに、住んでいた土地の名前をつけたのである。
連（むらじ）は天皇とは別祖で、物部氏の祖先はニギハヤヒノミコトで中臣氏はアマツコヤネノミコトある。
朝廷で最も力のある豪族には大臣（おおおみ）と大連（おおむらじ）という位を授けられ、軍事や裁判を担当していたのが大連の物部氏（物部尾輿），財政や外交を担当していたのが大臣の蘇我氏（蘇我稲目）だった。蘇我稲目は二人の娘（堅塩媛かたしひめ，小姉君おあねぎみ）を欽明天皇の妃とし，天皇の外戚として地位を確固たるものにした。
飛鳥時代は生まれた家で身分と仕事が決まっていた。物部氏の「物は武器」のことで、「部は人々」を意味している。つまり物部氏は生まれながらの軍人であった。中臣氏の中臣は神と人の中に入る臣、つまりは神主である。このような豪族たちは堀に囲まれた館・集落、祭礼施設などの館に住んでいて、その館跡が発掘されている。
ところで第25代の武烈天皇は異常な性格で、妊婦の腹を切り開いて胎の様子を観たり、爪を抜がして芋を掘らせたり、木に登らせては木を切り倒して落死させたり、このような狂気・凶暴なことをやっていたが、この武烈天皇が死去（暗殺？）すると、次の天皇が誰にするかが問題になった。問題となったのは継続する天皇がいなかったからである。
そこで大伴金村を中心に「大連と大臣の会議」で次期天皇を決めることになった。このことは日本書紀にも書かれている。このように天皇が豪族の会議で決られたことは、大和朝廷は大王を推戴する豪族、特に大和の中央豪族による連合政権だったことがわかる。この豪族たちは自分の氏族を優位に立たせるために激しい権力闘争を行った。豪族同士が争い、有力な豪族がのし上がってきたのである。
大伴金村は5代の天皇に仕え、大伴氏の最盛期をつくった。しかし512年、高句麗によって国土の北半分を奪われた百済から、任那（みまな）4県の割譲の要請があり、大伴金村はこれを承認した。さらに527年の磐井の乱では自分の部下の近江毛野を将軍にしたが、近江毛野は鎮圧に失敗、次に将軍に任命された物部麁鹿火が磐井の乱を鎮圧させている。
さらに新羅との領土交渉に失敗すると、540年に大伴金村は先の任那4県の割譲時に百済から賄賂を受け取ったことを物部尾輿から糾弾されて失脚する。この大伴金村の失脚以後大伴氏は衰退していく。ヤマト政権が日本の安定した支配権を確立したのは、継体天皇とその子の欽明天皇の時代と考えられる。
仏教伝来
552年、かねてからよしみのある百済の聖王（聖明王）から釈迦仏の金銅像と経論が欽明天皇に献上されると、仏教信仰の可否について朝廷を二つに割る論争が勃発する。
欽明天皇は仏教の教えを「これまでの教えの中で最も優れている」と感動するも、朝廷の群臣に問うと、物部尾輿と中臣鎌子（神道勢力）は「日本には昔から伝統の神々をまつっているのに、異国の仏教を信じれば、この国の神々はお怒りになる」と反対するが、蘇我稲目は西の国々（朝鮮・中国）は仏教を信じているのだから日本も信じるべきと主張した。国際派の蘇我馬子は「アジア各国が仏教を信奉しているのだから、日本もこれを取り入れ、世界の仲間入りをするべき」とし、物部守屋は「そんなことをすれば天照大神など日本の神々の怒りに触れる」といった保守勢力の代表だった。
蘇我氏は大陸からの帰化人を多く受け入れており、戦火を逃れあるいは朝鮮王朝から遣わされた帰化人の多くは仏教を信じていたことから、仏教はみじかで仏教を支持することは帰化人の支持を得ていた。
いっぽうの物部氏は保守的な軍事が専門で、中臣氏は神道の祭り事の職にあった。そのためこの論争に決着がつくはずはなかった。そこで天皇は試しに拝んでみるようにとこれらを蘇我稲目に授けた。蘇我稲目は小墾田の自宅に安置し，向原（むくはら）の家を浄めて寺とした。このことより向原の家は日本最初の寺となった。
蘇我稲目は私邸に寺を建て仏像を拝んだが、その後、疫病が流行すると、物部尾輿らは「異国の神（仏）を拝んだので、国神の怒りを買った」と不快感をあらわにして、570年に稲目が死去すると，天皇の許しを得て蘇我の寺を焼いた。寺は焼けても仏像は燃えなかったため，これを難波の堀江に投げ込んだ。しかし疫病はなくならず天災も続いた。
蘇我は疫病の流行は仏教を信じないからとし、物部尾輿らの廃仏論を批判した。蘇我氏と物部氏の仲はこの崇排仏論用までは良好で、共に大伴金村を失脚させるため協力し合っていた。しかし神道を信奉する物部氏と仏教に帰依した蘇我氏の対立は、彼らの子（物部守屋と蘇我馬子）の代まで持ち越された。欽明天皇は崇仏派であったが、あくまでも中立を守った。
聖徳太子の祖母は蘇我馬子の叔母で、母方が蘇我馬子の妹であることから蘇我氏の血をひく聖徳太子も少年期から仏教に傾倒していた。聖徳太子は後に妻を蘇我馬子の娘・刀自古をもらっている。蘇我馬子は百済から献上された弥勒像を自邸に安置すると、まだ10歳の聖徳太子が何度も供養に訪ねている。
585年に病になった蘇我馬子は敏達天皇に仏法を信奉する許可を求め、仏教に帰依すると宣言したため、欽明天皇は蘇我稲目に百済からの仏像と経論を与えた。
これをきっかけに仏教を崇拝する蘇我馬子と、日本古来の神道を信奉する物部守屋が激しく対立した。ほぼ同じ頃から疫病が流行し、物部守屋と中臣勝海（中臣氏は神祇を祭る氏族）は異国の神を信奉したため疫病が起きたとして仏教の禁止を求めた。中立派の敏達天皇は物部守屋に応じたため、物部守屋は蘇我馬子の仏塔を破壊し、仏殿を焼き、仏像を海に投げこみ、仏法信者を面罵し3人の尼を捕らえて全裸にすると群衆の目前で鞭打った。
しかし疫病は更に激しくなり敏達天皇も病に伏した。蘇我馬子は自らの病が癒えず、再び仏法の許可を求めた。敏達天皇は馬子に限り仏法を許したため、馬子は三尼を崇拝し寺を営んだが、ほどなくして敏達天皇は崩御した。
敏達天皇が崩御すると、弟の穴穂部皇子が次期天皇になるつもりでいたが、蘇我馬子が
推す用明天皇が即位した。どちらも蘇我の血を引く皇子であったが、蘇我馬子にとっては強力な大王となりそうな穴穂部より用明天皇のほうが制御しやすかったからである。
585年、聖徳太子（11歳）の父・第31代用明天皇が即位し、天皇として初めて公に仏教に帰依したが、わずか2年後の587年、聖徳太子が13歳のときに父・用明天皇は疱瘡に罹り崩御した。
ここで穴穂部皇子が再び天皇の座を狙うことになるが、しかし短気な穴穂部皇子は586年5月に額田部皇女（推古天皇）強姦未遂事件を起こした。乱暴にも敏達天皇の宮に侵入して額田部皇女を犯そうとしたのである。しかし、炊屋姫の寵臣・三輪君逆（みわのきみさこう）に侵入を阻止された。
蘇我馬子は穴穂部皇子を諌めたが、物部守屋は穴穂部皇子の強姦を拒んだ寵臣・三輪逆を穴穂部皇子と共に斬り殺している。
この事件を契機に、穴穂部皇子が物部氏と近い関係になり、次期天皇をめぐる争いとして、額田部皇女（推古天皇）を担ぐ蘇我馬子と、穴穂部を立てて政治の実権を回復したい物部守屋との間の対立になる。このように額田部皇女（推古天皇）強姦未遂事件が、蘇我馬子と物部守屋の全面対立を生んだ。
用明天皇の後嗣が定まらず皇位は空位になったが、蘇我馬子は先代の第30代敏達天皇の妃で、聖徳太子の父の妹・額田部皇女（推古天皇）を皇位継承者に推した。おさまらないのは寵臣を殺された額田部皇女である。額田部皇女は蘇我馬子に勅を発して穴穂部皇子を討つように命じ、蘇我馬子は佐伯連丹経手に命じて穴穂部皇子を殺させた。
蘇我馬子と物部守屋の戦いは仏教を受け入れるかどうか、排仏崇仏論争が主とされているが用明天皇の継承を巡る争いになった。聖徳太子は蘇我氏の血を引いていることもあり、若い頃から仏教を深く信仰し、父親の用明天皇も仏教を信仰していたため、587年に用明天皇が崩御すると聖徳太子は蘇我馬子側についた。
丁未の乱
蘇我馬子は群臣にはかり物部守屋を滅ぼすことを決めた。蘇我馬子は泊瀬部皇子、竹田皇子、厩戸皇子などをひきつれて河内国渋川郡（東大阪市衣摺）の物部守屋の屋敷に攻め込んだ。物部守屋は一族を集めて稲城を築き守りを固めた。物部氏は軍事が専門だったので戦いは強かった。物部守屋は木の上の櫓によじ登ると指揮を取りながら雨のように矢を射かけた。蘇我の軍兵は恐怖し退却を余儀なくされた。このように戦いは物部氏に有利に運んでいた。
聖徳太子はこのとき14歳の少年であったが蘇我馬子について戦闘に参加していた。戦いは蘇我氏にとって不利な状況が続いたが、これを見た聖徳太子は木で四天王を彫り、勝利を祈願し「戦闘に勝てば四天王のお寺をつくる」と誓いを立てた。
蘇我馬子は弓の名手に迹見赤檮に物部守屋を狙わせると、放った矢が物部守屋に命中して戦死した。すると形勢は逆転し、大将を失った物部軍は総崩れとなった。この戦いを丁未の乱という。
崇峻天皇暗殺事件
物部氏を滅亡させ朝廷の中で一番の実力者となった蘇我の馬子は、額田部（ぬかたべ）皇女（推古天皇）ではなく、額田部皇女が推す自分の甥にあたる崇峻天皇（すしゅん）を即位させた。しかし崇峻天皇と蘇我馬子との関係は必ずしもよくなかった。崇俊天皇は蘇我氏の血を引いてるが、最高位の天皇に口をはさむ蘇我馬子を憎くらしく思っていた。
そして４年後、崇峻天皇が実力者・蘇我馬子に暗殺される事件が起きた。これまで暗殺されたと思われる天皇は何人かいるが、これほど明確に暗殺が記録されているのは崇峻天皇だけである。
592年10月4日、崇峻天皇に猪（いのしし）を奉る者がいた。すると崇峻天皇は「この猪の首を落とすように憎い奴の首を落としたいものだ」と言った。このことが蘇我馬子の耳に入ると、馬子は「天皇が自分を無実の罪で討とうとしている。自分は正当防衛で天皇を討つ」と先手を打ち、東国から貢物が来ていると嘘をつき、部下の直駒（あたいこま）を刺客として送り込み崇峻天皇を暗殺した。
刺客の直駒は後宮にいた美女を略奪して帰るが、これが蘇我馬子の娘の河上娘だった。そのため直駒は馬子に殺害されることになる。
蘇我氏
蘇我氏が大豪族として表舞台に登場してくるのは６世紀の初めで，それまでは無名に近い一族であった。そのため蘇我氏を渡来人とする説があり、事実、蘇我稲目の父親の名前は高麗であった。蘇我氏と物部氏は常に対立していたが，蘇我氏は天皇の外戚として権力を持ち，渡来人の集団を支配し、その知識や技術を持ったことから、やがて物部氏を滅ぼし、その地位を確固にしていく。
そのなかでも蘇我馬子(～626年）は敏達・用明・崇峻・推古の4代の天皇のもとで、54年間も大臣を務め権勢を欲しいままにした。
このようにして蘇我稲目－馬子－蝦夷－入鹿の４代直系一族による独占体制を築いていったが、政略結婚こそが蘇我氏の権力の源で、系図で天皇家と蘇我氏とのつながりを見ると、すべての天皇の皇后は蘇我氏とつながりがある。
蘇我稲目の娘2人が欽明天皇の夫人になり、その子供が敏達天皇の后で後に推古天皇となる額田部皇女である。用明天皇は敏達天皇の弟で、用明天皇の子供が聖徳太子で、聖徳太子は馬子の娘の刀自古郎女を夫人としている。これでは朝廷内は兄弟、姉妹、叔父、叔母、姪、甥とみな蘇我氏の血のつながった者たちが行き来していたのである。
初の女帝推古天皇
崇峻天皇が蘇我馬子に殺害されると、この後に即位したのが敏達（びだつ）天皇の皇后豊御食炊屋姫尊、後の推古天皇（額田部皇女）である。わが国最初の女帝が誕生した。
推古天皇の夫敏達天皇は崇峻天皇の兄で、崇峻天皇から見れば推古天皇は兄嫁に当たる。推古天皇は欽明（きんめい）天皇の皇女で、敏達天皇・用明天皇・崇峻天皇も同じく欽明天皇の子である。推古天皇と敏達天皇は兄弟同士の婚姻だった。また崇峻天皇を殺害した蘇我馬子は、崇峻天皇と推古天皇の伯父に当たる。