約50年に渡って摂関政治を握ってきたのは藤原道長の息子の藤原頼通（よりみち） であったが、天皇の皇后にした自分の娘が天皇の皇子を産めなかったため、1068年、藤原氏の血筋をひいていない第71代の後三条天皇が即位した。
親政政治
親政政治とは摂政関白を置かずに、天皇中心による政治であるが、このような親政政治は、第59代の宇多天皇以来、約170年ぶりのことであった。その始まりは後三条天皇で、藤原氏を外戚としない後三条天皇は藤原氏勢力の抑制を図り、朝廷の人材を一新した。後三条天皇は35歳と働き盛りで、学問を好み、個性の強い性格で、天皇自らが政治の刷新を行った。
まず藤原氏の勢いを止めるために、摂関家の荘園を押さえることを目的に、1069年に延久の荘園整理令を出し、1045年以降につくられた荘園の所有を全面的に停止させた。
私有地である荘園の持ち主は、税が免除される「不輸の権」や役人が荘園に立ち入ることができない「不入の権」があり、平安時代の中頃までに、このような私的荘園が増加し律令体制がくずれていった。それは同時に、荘園を名目上藤原氏に寄進することなり、藤原氏の勢力が拡大させることになった。延久の荘園整理令はこの藤原氏の勢力を削ぐことが目的があった。
朝廷は学者の大江匡房（まさふさ）を起用して記録荘園券契所を設け、すべての荘園の券契（権利書）を調査して、書類上の不備や国政上の妨げとなる荘園を停止処分にして国の領地（国衙領）とした。もちろんその追及の手は藤原氏の荘園にも及んだ。
この荘園整理令は例外なく摂関家や寺社に適用されたので成果を挙げ、さらに枡（ます）の大きさを同じに定め、重さの単位を統一して不正をなくした。その他にも、後三条天皇は物の公定価格を定め、国司の重任を禁止して、右大臣に摂関家以外の貴族を起用するなど様々な改革を行った。
それまで地方の政治は国司に任せたままだったので、国司は富を増やすことに専念していた。例えば尾張の国（愛知県）の藤原元命（もとなが）は、郡司や農民にその横暴ぶりを訴えられ国司をやめさせられている。
白河上皇（院政）
後三条天皇は数年後に40歳で崩御し、1073年に白河天皇は20歳の若さで即位した。この時大江匡房は32歳で、新天皇からも信頼を寄せ、まさに政治の師であった。
白河天皇は天皇による親政を継続したが、1086年、白河天皇は8歳の実子・善仁親王に突然譲位すると上皇となり院政を開始した。その師である大江匡房は別当となって白河院政の顧問となり政治を支えた。白河上皇は第73代の堀河天皇（善仁親王）の後見役になり政治の実権を握ったままとなった。
それまでは長きに渡って藤原氏が摂政、関白という地位について摂関政治による権力を握っていたが、藤原氏の血筋が天皇家から途絶え、この院政とよばれる政治スタイルが確立すると、天皇家による政権を完全に奪取したのである。
上皇であれば天皇のように周囲に縛られずに、私的な身分で武士などと主従関係を結ぶことができ、武士を家臣として職や土地を与えることができた。天皇は天皇の権力を、上皇は天皇の父親として強大な権力を作り、それぞれを補いながら政治権力を握っていった。
このように摂関家にかわって、天皇の父あるいは祖父が上皇として天皇を後見する新たな制度が始まり、上皇の住居を院と呼ぶことから、この制度を院政と呼んだ。この院政は荘園の整理によって摂関家に支配されていた地方豪族、国司（受領）、開発領主から歓迎された。白河上皇は彼らを支持勢力に取り込むと、荘園減少に不満を持つ摂関家の勢力を抑え込んだ。
堀河天皇の父として政治の実権を握った白河上皇は、事実上の君主として「治天の君」と称せられ、自らの政務の場所として院庁を開き、実務を院司に担当させた。院政のもとで、上皇からの命令を伝える院宣（いんぜん）や、院庁から発せられる公文書・院庁下文（くだしぶみ）が国政に大きな影響を持つようになった。また白河上皇は直属の警備機関として北面の武士を組織した。
院政時代を築いた白河上皇をはじめとする各上皇は、仏教を厚く信仰し、それぞれが出家して法皇となった。白河法皇は、1076年に建てた法勝寺などの造寺・造仏事業を行い、熊野三山への熊野詣や高野山への高野詣を繰り返した。
白河上皇は子の堀河天皇、孫の鳥羽天皇、さらにひ孫の崇徳天皇と3代に渡って院政にたずさわり43年間も院政を行った。
院政により皇族や上級貴族に知行（領地）を与え、そこから収益を得る知行国の制度や、院自身が知行国を支配する院分国の制度が広まった。国の領地である国衙領は院や知行国主、あるいは国司の私領となり、院政を支える経済的基盤となった。またかつては摂関家に集中していた荘園が、新たに政治の実権を握った院に集中し、警察権を排除する不入の権も廃止され、それらが強化されて荘園の独立性が強まった。
荘園の寄進が集中した大寺院では、自衛のために下級僧侶や荘園の農民を僧兵として組織した。大寺院では僧兵を用いて国司と争い、また自らの要求を通すために、奈良の興福寺では春日大社の神木を、比叡山の延暦寺では日吉大社の神輿（みこし）を先頭に立てて京都へ乱入し朝廷へ強訴した。
それまでの朝廷は自前の軍隊を持たなかったので、寺院の圧力に対抗するために源氏や平氏などの武士を雇い警護や鎮圧にあたらせたが、このことが武士の中央政界への進出をもたらすことになった。
院政によって皇室が政治の実権を握り、摂関家の荘園が減少して、院の荘園が増加し、荘園自身の権限が強化された。土地の支配をめぐるこれらの制度は、院に経済的基盤を集中させたことから、上皇（または法皇）の権力は飛躍的に高まり、さらに「天皇の父」という立場からも院の権力に歯止めがかからずに、独裁的な色彩を見せるようになった。
「賀茂川の水と、双六の賽（サイコロ）の目、山法師（延暦寺の僧兵）だけは自分の意にならない」という白河法皇の言葉があるが、逆に云えは、この三つ以外は自分の意のままにできたのである。白河法皇や鳥羽法皇は、皇位の継承についても意見し、結果として政治の混乱を招くことになった。またこの土地制度は一部の者の不満を高めることになり、来るべき新しい時代への大きな原動力となった。
権力闘争
宮廷では公家が和歌を詠んだり、夜這をしているだけでなく、薄暗い権力闘争が行なわれていた。政権を独占していたのは藤原一門で、彼らは娘を天皇家に輿入れすることで「外戚」となり政治を独占していた。
そのような藤原一門に挑戦した者は、菅原道真（大宰府に左遷）や伴善男（応天門の変）のように、罠に嵌められて失脚する運命にあった。天皇は飾り物で、貴族たちの都合の良いように祭り上げられ、天皇は政治の実権を持たなかった。
それでも天皇の中には覇気を持つ者がいて、平安末期に「院政」という政治手法を思いついた。すなわち早めに退位して上皇となり、藤原氏の手の及ばない隠居所を拠点にして政治を行なったのである。また藤原一門といえども、適当な女子に恵まれず、天皇家との縁戚関係を維持できない時期もあった。こうして少しずつ藤原一門の勢力は衰えていった。これらの権力闘争はいわば宮廷の話であって、日本全体にとってはさしたる問題ではなかった。公地公民制が徐々に崩壊し、民生を掌るのは荘園領主と武士団になった。
また都では毎日のように強盗や殺人がおき治安は悪化していた。世の中が乱れても、貴族にはこれを抑える勇気も力もないため、貴族たちは武士を雇い、自分たちの生命や財産を守らせた。武士もまた貴族たちに仕えることを名誉とした。武士のことを「侍」とも言うのは、武士が貴族の傍について奉仕するという意味からきた言葉である。朝廷や貴族に手向かう者がいれば、武士の力に頼らなければならなかった。
平安末期になると武士団は源氏と平氏の二大勢力になり、清和天皇の後裔を自認する源氏は東国でその勢力を伸ばした。
その契機となったのが、いわゆる「前九年後三年の役」（1051年～）である。
前九年の役
1051年、陸奥（岩手県）の大豪族安倍氏が反乱をおこした。安倍氏は蝦夷の州長だったが、国司の命令に従わず租税も納めなかった。そこでその勢力を畏れた朝廷が安倍氏の討伐を試みて、陸奥国（青森県・岩手県・宮城県・福島県）の国司が数千の兵を率いて攻め込んだが安倍氏に負けてしまったのである。
その後、朝廷では源頼信の子の頼義を将軍にして、安倍氏を討たせることにした。頼義の強いことを知っていた安倍氏はたちまち降参したが、頼義が京都へ帰ろうとしたとき、ちょっとしたことから頼義と安倍氏が再び戦いを始めた。1062年、頼義は蝦夷の州長である清原氏の助けでようやく安倍氏に勝つことができた。
安倍氏を平らげた手柄によって、源頼義は伊予守、源義家は出羽守になった。また源氏を助けた清原武則は鎮守府将軍になり、安倍氏に代わって東北地方で大きな勢力を得ることになった。安倍頼時の娘の夫であった藤原経清もこの戦いで戦死し、安倍頼時の娘は7歳になる息子（藤原清衡）を連れて、清原氏の息子武貞と再婚した。九年の歳月をかけて安倍氏を滅ぼしたのでこの戦いを前九年の役という。
後三年の役
安倍氏が滅んでから20年ほど経って、権勢を誇っていた清原氏の内輪もめがおきた。義家はその一方の清衡を助け、やっとこの争いを鎮めた。内部抗争を三年をかけて鎮圧したが、朝廷はこの争いは清原氏の内輪もめであり国に手向かったわけではないとして義家に褒美をくれなかった。
後三年の役は源氏にとっては苦しい戦いで、大勢の東国の武士が源頼義や源義家の部下になって戦った。朝廷からの褒美がない義家は、しかたなく自分の財産を投げ出して手柄を立てた部下に褒美を与えた。そのためこの苦しい戦いに勝ち抜いた部下たちは源氏に従うようになった。この功績を立てた源義家（八幡太郎）は部下を大切にしたので多くの武士に敬われ、百姓たちもその部下になろうと田畑を我先に寄付するほどだった。義家は頼義の長男で、鎌倉の鶴岡八幡宮で元服したため八幡太郎と呼ばれ源氏の守護神となった。当時は長男のことを太郎と呼んでいたのである。
藤原清衡
後三年の役で源義家の味方となった藤原清衡の父は藤原経清で、母は安倍氏の娘で、もともと清原家の者ではなかった。前九年の役に、父・藤原経清は安倍氏の部将として源頼義らを苦しめ捕えられて殺されている。
夫を失った清衡の母は、幼い清衡をつれて清原氏に嫁いだ。このように清衡は清原氏の家族として育ち、後三年の役の後に藤原氏を名のり、清原氏に代わって奥州（東北地方） を支配するようになった。
奥州の主になった藤原氏は、初代の清衡、二代目の基衡、三代目の秀衡とおよそ100年間に渡り栄えた。奥州藤原氏は三代に渡って京都の文化を取り入れ、清衡の建てた中尊寺、基衡の建てた毛越寺、秀衡の建てた無量光院は、いずれも京都の寺に劣らぬ立派なものであった。
その有様は平泉に残る中尊寺の金色堂から忍ぶことができる。この金色堂には清衡・基衡・秀衡の遺体が葬られており、ミイラとなって現在に残されている。金色堂のように金を沢山使ったお堂ができたのは奥州が金の産地であり、藤原氏が非常に豊かであったからである。
いっぽうの平氏は桓武天皇の後裔を自認し西国で勢力を伸ばした。その契機となったのが、大海賊・藤原純友の反乱であった（941年）。
このように武力を持たない朝廷は、地方の戦乱を有力な武士団に委ねざるを得なかった。そのため反乱が頻発すれば、朝廷の権力が次第に武士に蚕食されていった。 やがて朝廷の皇族や貴族たちは、自分たちの権力争いに源氏と平氏の武力を利用するようになり、こうして起きたのが「保元の乱」と「平治の乱」である。その結果、朝廷の実権を握ったのは平清盛で（1167年）、朝廷内の権力争いは武士に国の実権を奪われる形で終結した。
下図）岩手県平泉の中尊寺、中尊寺金色堂、達谷窟毘沙門堂、
毛越寺の大泉ヶ池
いっぽうの平氏は桓武天皇の後裔を自認し西国で勢力を伸ばした。その契機となったのが、大海賊・藤原純友の反乱であった（941年）。
このように武力を持たない朝廷は、地方の戦乱を有力な武士団に委ねざるを得なかった。そのため反乱が頻発すれば、朝廷の権力が次第に武士に蚕食されていった。 やがて朝廷の皇族や貴族たちは、自分たちの権力争いに源氏と平氏の武力を利用するようになり、こうして起きたのが「保元の乱」と「平治の乱」である。その結果、朝廷の実権を握ったのは平清盛で（1167年）、朝廷内の権力争いは武士に国の実権を奪われる形で終結した。